A templom a Prágai Újváros alapításával egy időben a XIV. század második felében létesült. Építői az egyedüli csehországi alapítású lovagrend tagjai, a Piros Csillagos Kereszteslovagok voltak. A templomépületet 1351-ben az akkori prágai érsek Arnošt z Pardubic szentelte fel és már egy évvel később plébániai rangra emelkedett. Közvetlen közelében temető volt található, amelyet a pestisjárványok idején is gyakorta használtak.

A későbbiek során ebben a templomban is a husziták lettek az urak, az akkori plébánosuk az enyhébb vonalat képviselő Pilzeni Prokop volt.

A templom közelében álló Szent Henrik tornyot 1472-1476 között emelték abból a célból, hogy méltó helyen helyezhessék el az új öntésű és tekintélyes súlyú harangokat.

A Szent Henrik plébánia szerves részeként jött létre az említett időszakban az iskola is, amelynek rektorai között jeles személyiségekkel, tudósokkal találkozunk.

A Fehér hegyi csata után néhány évig tartó bizonytalanságot követően az akkori uralkodó III.Ferdinánd 1649-ben a templomot az Újvárosnak adományozta.

A barokk időkben több kápolnát emeltek a templom oldalsó falaihoz. Ebből a korból származik a templombelső úgyszólván teljes berendezése és díszítése, hiszen az eredeti gótikus berendezés nem maradt ránk.

Az oltárképek között megtaláljuk a kor legjelentősebb festőegyéniségei alkotásait is. Ebben az időben került barokk torony a templomra.

További jelentős átépítésekre 1879 folyamán került sor, amelynek során a kor legtekintélyesebb építésze felügyelte a munkálatokat: ismét gótikus sátortetőzetet kapott az épület és eltávolították a templom reneszánsz korokból származó díszítő elemeit. A templomot körülölelő temetőt, ahova egyébként már II. József uralma óta nem temettek, végleg felszámolták egy parkot alakítva ki annak helyén. Néhány épen maradt síremléket a templom falához ragasztottak illetve az előtérben helyezték el.

Szent II. Henrik

Szent Henrik császár, akit a német császárok közül egyedül avattak szentté, Szent István feleségének, Gizellának volt a testvére.

A bajor herceget a hildesheimi katedrális iskolájában tanították és a papságra készítették fel. Tanulmányait Regensburgi Szent Wolfgang püspök irányítása alatt fejezte be. 995-ben, átvette a hercegség vezetését, majd VIII. Benedek pápa 1014-ben Rómában császárrá koronázta. Legsürgősebb feladatának azt tekintette, hogy a lehanyatlott kolostori életet a bencés regula szigorú szellemében megújítsa és a későbbiek során is nagy gondja volt az egész birodalom kolostoraira.

A szívós célratörés volt egyik legjellemzőbb vonása.

Ugyan rendkívüli jelentőséggel bírt II. Henrik császár uralkodása a birodalom gyarapodását tekintve, az Egyház nem emiatt tiszteli a szentek sorában. Szentként azért tiszteljük, mert uralkodói hatalmával teljesen tiszteletben tartotta az Egyház jogait, és feltűnő volt személyes jámborsága és készsége a bűnbánatra.

Különösen két nagy alapítás őrzi a nevét: a 981-ben feloszlatott merseburgi püspökség újjáalapítása és a bambergi püspökség megalapítása. Amellett, hogy az uralkodó nagyon reális politikus volt és a birodalom érdekeit állandóan szem előtt tartotta, egyházi alapításai mélységes hitében és egyházhűségében, valamint annak a feladatnak a felismerésében gyökereztek, amelyet szerinte az Egyháznak a világban be kell töltenie.

Mindezen uralkodói tevékenységét gyenge egészségű, törékeny emberi testben hajtotta végre Henrik. A források közelebbről nem nevezik meg a betegségét. Luxemburgi Kunigundával kötött házassága gyermektelen maradt. Alázattal és belenyugvással hajolt meg Isten akarata előtt, és feleségével egyetértésben minden vagyonát az Egyházra hagyta, mert ,,Krisztust választotta örökösének'', ahogy a bambergi alapítólevélben írja.

Henrik 1024. július 13-án halt meg. Holttestét Bambergbe vitték, és a dómban temették el. Felesége, Kunigunda később mellette kapott nyugvóhelyet. A szent császár sírjához még ma is zarándokolnak, nemcsak a németek, hanem a franciák is. III. Jenő pápa 1146. március 12-én szentté avatta. A szentté avatással az Egyház elismerését is kifejezte azért, hogy Henrik minden erejével gyarapította birodalmát, ugyanakkor védelmezte és támogatta az Egyházat, s ezáltal személyében megvalósította a ,,szent birodalmat''.

Szent Kunigunda császárné

Luxemburg egy grófi nemzetségéből származott, jámbor szüleinél számos testvére körében nőtt fel. Bizonnyal kolostori életre vágyódott, később mégis szívesen követte szülei kívánságát, amikor eljegyezték Henrik bajor herceggel. Néhány évvel ezután Henrik hitveseként német királyné lett, 1014-ben pedig vele együtt fogadta a császári koronát Rómában. Fáradhatatlanul kísérte férjét a nagy birodalomban tett útjain. Mivel okos és nagyon képzett volt, tökéletes tanácsadóként állt mellette fontos politikai döntéseiben; néha még a kormányzást és a birodalom egyes részeinek az igazgatását is átvette, ha férje erejét meghaladták összetorlódott kötelezettségei.